Управление Учреждением осуществляется в соответствии с Законом РФ «Об образовании в Российской Федерации» на принципах демократичности, открытости, приоритета общечеловеческих ценностей, охраны жизни и здоровья человека, свободного развития личности.
Управление Учреждением строится на принципах единоначалия и самоуправления.
В Учреждении формируются коллегиальные органы самоуправления, к которым относятся Наблюдательный совет школы (Положение о Наблюдательном совете МАОУ ССОШ № 3, Постановление администрации Стародубского муниципального округа Брянской области от 25.01.2023 № 69 "О назначении членов наблюдательного совета в автономных образовательных учереждениях Стародубского муниципального округа Брянской области")), Общее собрание работников Учреждения (Положение об общем собрании работников МАОУ ССОШ № 3), педагогический Совет школы (Положение о Педагогическом совете школы). Работа органов самоуправления регламентируется локальными актами.
Непосредственное руководство Учреждением осуществляет директор - Еловская Олеся Евгеньевна, прошедшая соответствующую аттестацию и назначенная Учредителем.